Gare SNCF dont le nom complet est "Paris-Gare de Lyon" recevant principalement:

• les trains de Grandes Lignes (TGV, trains internationaux vers la Suisse et l’Italie, Corail InterCités)
• certains TER Bourgogne principalement à destination de Sens et Laroche-Migennes
• les Transilien de la ligne R
• les RER de la ligne D.

La gare de Lyon contient des voies sur 3 niveaux différents:

• la gare de surface (22 voies) SNCF
• la gare souterraine (4 voies) SNCF réservée à la ligne D du RER
• la gare souterraine (2 voies) RATP réservée à la ligne A du RER

auxquels s'ajoutent les stations de métro "Gare de Lyon" des lignes M1 et M14.

La gare de surface comporte 2 faisceaux de voies distincts:

• la plate-fome bleue, avec les voies A à N, sous la verrière, dites voies à lettres, soit 12 voies (plus de voie B, ni de voie F)
• la plate-forme jaune, avec les voies 5 à 23 (nombres impairs uniquement), côté rue de Chalon, dites voies à chiffres, soit 10 voies.
  2 voies supplémentaires sont amorcées, 25 et 27, mais elles butent très rapidement sur le bâtiment du tri postal.

Etant donnée la saturation quotidienne de la gare, certains trains peuvent être reçus à Bercy (TER Bourgogne pour Auxerre et Dijon-Ville, trains de nuit pour l’Italie, notamment), où se trouvent les voies P, R, S, T, U et V, voire à Austerlitz (trains de nuit pour d’autres destinations).

Même si certains RER peuvent être exceptionnellement reçus dans la gare de surface, les RER de la ligne D sont normalement reçus dans une gare souterraine de 4 voies situées à proximité de la rue de Bercy. Seules ces 4 voies donnent accès au tunnel conduisant à Châtelet-les-Halles.

Cette même gare souterraine comporte au niveau encore en-dessous les 2 voies de la ligne A RATP.

Cette gare souterraine a été construite en même temps que la ligne A (terminée en 1977), mais elle n’a été mise en service commercial qu’en 1980. Cette mise en service a permis de libérer les premières voies à lettres sous la verrière de la gare de surface et après travaux de les affecter aux TGV Paris Sud-Est en service dès septembre 1981.

Les 4 voies qu’elle comporte soit d’ouest en est, 2, 4, 3 et 1 sont desservies par 2 quais : quai 2 pour les voies paires, quai 1 pour les voies impaires.

Ces voies sont banalisées, ce qui signifie qu’elles ne sont pas affectées à un sens prédéfini. Cependant, on aura généralement les schémas suivants (situation septembre 2009) :

Rappelons enfin que le 27 juin 1988 peu après 19 heures la gare souterraine a été le lieu d’un grave accident, où un train au système de freinage défaillant a percuté un train à l’arrêt sur la voie 2. 56 personnes ont été tuées dans cet accident. Un monument a été édifié à leur mémoire sur le quai des voies 2 et 4 et une cérémonie du souvenir a lieu à la date anniversaire tous les ans.