La gare de Paris-Bercy a été initialement construite par la SNCF pour les Trains Auto-Couchettes à destination du Sud-Est de la France et de l’Italie.

Même après séparation des trains voyageurs et des trains convoyant les véhicules, la baisse progressive de cette activité "Trains Autos-Couchettes" ainsi que la saturation progressive de la Gare de Lyon ont amené à utiliser cette gare de Bercy comme complément à la gare de Lyon pour :

• les trains de nuit à destination de l'Italie (la majorité des autres trains de nuit partent eux de la gare d'Austerlitz) 
• certains trains Grandes Lignes occasionnels (jours de pointe)
• certains trains spéciaux (par exemple les « Pulmann-Orient-Express »)
• les trains TER Bourgogne à destination d’Auxerre et Dijon-Ville via Laroche-Migennes. (Attention ! les TGV à destination de Dijon-Ville partent eux de la Gare de Lyon).

Il existe 6 voies à quai, P, R, S, T, U et V, identifiées à la suite des voies à lettres de la Gare de Lyon.

A partir de Pompadour, l'accès à cette gare de Paris-Bercy se fait par les voies 1M et 2M, situées les plus à l'ouest parmi les 6 voies disponibles.

Les projets à échéance de quelques années concernant la ligne D prévoient l’arrivée et le départ de certains trains en gare de Bercy plutôt que Gare de Lyon.
Si la gare de Bercy est effectivement desservie par les lignes de métro 6 et 14, il n’en demeure pas moins que la station de métro "Bercy" n’est pas à proximité immédiate de la gare, rallongeant d’autant le délai de correspondance (notamment si on souhaite rejoindre la ligne A du RER).